בארכיון המסמכים מצויים כ-2,000,000 מסמכים, אשר עברו ועוברים תהליך של מיון, שימור, סריקה, קטלוג ומחשוב. בין המסמכים ניתן למצוא פריטים ואוספים נדירים בעלי ערך היסטורי עצום.
בין השאר מצוי בידינו אוסף פלינקר – אוסף עדויות יחיד במינו אשר נגבה מניצולים שנמלטו והגיעו לארץ עוד במהלך השואה (בעיקר בשנת 1942). עותק זה של האוסף הינו היחיד ששרד והוא בעל חשיבות תרבותית והיסטורית ראשונה במעלה. כמו כן מחזיק הגנזך במסמכים נדירים של פעילי הצלה כגון הרב וייסמנדל, הרב חיים ישראל אייז, יעקב גריפל ועוד. מסמכים אלו שופכים אור הן על פעילות ההצלה שהתרחשה באותם ימים והן על המאורעות עצמם.
בנוסף למסמכים העוסקים בנושא השואה, ניתן למצוא במאגר מסמכים ואוספים המתעדים את חיי החומר והרוח של עם ישראל בארץ ובתפוצות. בין הבולטים שבהם הוא ארכיון העיר בני ברק, אשר מתאר את הקמת העיר ומצוי בחלקו ב"גנזך קידוש השם". בארכיון המסמכים ניתן למצוא גם את האוסף האישי של ר' משה פראגר ז"ל, מייסד "גנזך קידוש השם", סופר וחוקר שואה.
