סלבודקה היה שמה של פרבר בקובנה, מעבר לנהר. כיום נשמר שמה של קובנה ופרבריה בהסיטוריה בעיקר בזכות הישיבה המפורסמת ששכנה בסלבודקה וקבלה את שם הפרבר.
הישיבה נוסדה בשנת תרמ"ב (1882), ופעלה בעיר עד לחיסול הגטו. מייסד הישיבה היה הרב נתן צבי פינקל, שנודע כ"סבא מסלבודקה", תלמידו של הסבא מקלם. הישיבה נקראה "כנסת ישראל", על שמו של הרב ישראל סלנטר. עם סגירתה של ישיבת וולוז'ין הגיעו רבים מתלמידיה לסלבודקה, וכך הפכו אותה לאחת הישיבות הגדולות והחשובות בליטא. חלק מתלמידיה, וביניהם ראשי הישיבה והסבא מסלבודקה עלו לארץ ופתחו את הישיבה בעיר חברון, ולאחר פרעות תרפ"ט עברו לירושלים. בראש הנותרים עמדו ראשי הישיבה והמנהל הרוחני "המשגיח" הרב אברהם גרודז'ינסקי, שנהרג בשואה על קידוש השם. שניים מראשי הישיבה, הרב אייזיק שר וחתנו הרב מרדכי שולמן, יצאו מליטא ערב השואה ולאחר המלחמה הקימו את ישיבת סלבודקה בבני ברק.
סלבודקה הייתה הישיבה הראשונה ששילבה את העמקות, העיון ועמל התורה הוולוז'ינאי עם העבודה וההתפעלות של תנועת המוסר. הסבא גם דאג להאדרתו של עולם התורה כולו ולהחדרת לימוד המוסר בישיבות על ידי שליחת קבוצות תלמידים ורבנים לחזק ישיבות קיימות או לפתוח ישיבות חדשות. שיטת העבודה המוסרית של הרב נתן צבי התבססה על "גדלות האדם". לגלות לאדם את הפן הרוחני, הגבוה, שבאישיותו, וכך להטביע בו אתגרים ושאיפות עליונות מתוך הכרה בגדלות האדם מאז בריאתו. ברוח זו הוטלה על בני הישיבה המחוייבות לנהוג במכובדות, הן בהתנהגותם והן בלבושם, ולנהוג כבוד זה בזה.
הרבנית רבקה וולבה מספרת על התכנסויותיהם של בחורי הישיבה בבית אביה, ר' אברהם גרודז'ינסקי:
מדי ליל שבת נהגו להתאסף בביתנו בני תורה שעדיין נשארו מישיבת סלבודקה. אבי היה משמיע באוזניהם דברי תורה ומילות חיזוק ועידוד.
אותם בחורים היו שבורים ורצוצים בגופם ובנפשם, הם נשארו גלמודים, יחידים מכל משפחתם, ועבודת הפרך שעבדו במפעלים הגרמנים התישה אותם כליל. דברי התורה והעידוד שהרעיף עליהם אבא היה עבורם מקור כח וחיזוק להמשיך ולא להשבר.
לאחר מלחמת העולם הראשונה רחפה על ראשם של בני הישיבות סכנת גיוס לצבא הליטאי. כדי להינצל מכך החליט הסבא להעלות חלק מבחורי הישיבה לארץ ישראל. הרב יחזקאל סרנא, ראש הישיבה הצעיר, נשלח ארצה כדי להכין את הקרקע. הוא השיג מאה סרטיפיקטים עבור תלמידי הישיבה ובחר בעיר חברון כמקום המתאים לישיבה ובשנת תרפ"ד (1924) הגיעו ראשוני הבחורים מסלבודקה לחברון, ושנה מאוחר יותר הצטרף אליהם גם הסבא. בשנת תרפ"ז (1927) הוא נפטר, והותיר את ההנהגה בידי הרב יחזקאל סרנא (עד לעלייתו ארצה של רמ"מ אפשטיין). לאחר הפרעות המפורסמות של שנת תרפ"ט (1929) עברה הישיבה לירושלים.
עם זאת, לא כל בחורי הישיבה עלו לארץ. וכשעזב את סלבודקה מינה הסבא את ר' אייזיק שר לראש הישיבה בסלבודקה, ואת הרב אברהם גרודז'ינסקי כמשגיח. הסבא גם נותר בקשר מכתבים רצוף ואוהב עם הבחורים. הישיבה המשיכה לפעול בעיר עד לחיסול הגטו.
תמונת מחזור משנת תרפ"ט
