הכיבוש הנאצי מצא את וילנה מוצפת באלפי פליטים יהודים. בשנה בה זכתה לעצמאות, ובמידה מסויימת גם בתקופה בה הייתה תחת כיבוש רוסי, נחשבה וילנה ל"אי של הצלה" לישיבות פולין, למשפחות רבות, לפליטים בודדים ולתנועות נוער. הכל חפשו דרכי מילוט לעולם החופשי, וכמה אלפים הצליחו לצאת בחסדי ה'. באזור וילנה נותרו אלפי פליטים נוסף ליהודים המקומיים, שנלכדו במלתעות הנאצים. ואז בפעם הראשונה חדרו להיסטוריה היהודית המילים הנוראות יער פונאר, פתרון סופי, איינזאצגרופה ….
וילנה נכבשה בכ"ט סיוון תש"א (24 ביוני 1941), והייתה העיר הראשונה באירופה בה הוחל יישום הפתרון הסופי. המקום שנבחר לביצוע ההרג היה יער פונאר הסמוך לעיר. בתוך חודשיים נרצחו בו כשלושים וחמישה אלף יהודים על ידי איינזאצגרופה לאחר מכן הוקמו בעיר שני גטאות: "הגטו הגדול", בו רוכזו הצעירים והבריאים, ו"הגטו הקטן", אליו נשלחו חולים, זקנים, ילדים ובעלי מקצועות חופשיים. בנוסף ליהודי ווילנה, נדחסו לגטאות גם כמה אלפי יהודים מעיירות הספר הסמוכות.
