המטרות הוצבו עם הקמתו של הגנזך, והן מלוות אותו כל שנות קיומו:
מטרה א:
לחקור, לחשוף, לאסוף ולהנציח את מכלול הגילויים של גבורת הנפש היהודית בדורנו, כאשר לנוכח השטן הנאצי שזמם לעקור מן השורש את העם הנושא את בשורת האמונה בתולדות אנוש - ניצב היהודי איתן במכלול גילויי גבורת הנפש ולא נתן לאויב להכניע את גדלות הנפש היהודית. אותו יהודי שנרדף באירופה בידי הנאצים, הוא אותו יהודי שנרדף בארצות המזרח בידי הפורעים הערבים וברוסיה הסובייטית בידי הקומוניסטים, כשהצד השווה שבהם הוא ההוכחה המוחצת והמשכנעת כי עם ישראל עם אחד הוא בכל פיזורי גלויותיו ומורשתו הרוחנית חיה וקיימת.
מטרה ב:
להציל את אוצרות התיעוד החזותי לגווניו, המשקפים את דיוקנו הייחודי של היהודי בהיסטוריה ואת מלוא ססגוניות הווי-חיים היהודי בעולם ששקע. המטרה היא כפולה: להנציח את תפארת בית ישראל בקרב כל העדות והשבטים ממזרח וממערב, ועם זאת לעורר ולטפח את המאמצים לחשל מחדש את שלשלת הדורות ולהשתית את חיי עם ישראל על אדני מורשת ישראל.
מטרה ג:
להקים מוזיאון שיתמקד בהמחשת הגילויים של גבורת הנפש היהודית תחת המשטר הנאצי, של העזרה הדדית ושל העמידה האיתנה מול נחשולי הדמים.
מטרה ד:
להפיק תכניות לימודים והעשרה בנושאי העמידה היהודית בשואה ושיקומה הרוחני של שארית הפליטה.